O Linux possui suporte de leitura e escrita a vários sistema de arquivos, de diversos sistemas operacionais, além de alguns sistemas nativos. Por isso, quando o Linux é instalado em dual boot com outros sistemas (Windows, por exemplo) ou mesmo funcionando como Live CD, ele poderá ler e escrever nas partições formatadas em FAT e NTFS. Por isto, Live CDs Linux são muito utilizados na manutenção e recuperação de outros sistemas operacionais.
Entre os sistemas de ficheiros suportados pelo Linux, podemos citar FAT, NTFS, JFS, XFS, HPFS, Minix e ISO 9660 (sistema de ficheiros usado em CD-ROMs). Alguns sistemas de ficheiros nativos são, dentre outros, Ext2, Ext3, Ext4, ReiserFS e Reiser4[nota 2]. Alguns sistemas de ficheiros com características especiais são SWAP, UnionFS, SquashFS, Tmpfs, Aufs e NFS, dentre outros.
